熒光顯微鏡用于研究細胞內物質的吸收、運輸、化學物質的分布及定位等。 細胞中有些物質，如葉綠素等，受紫外線照射后可發熒光；另有一些物質本身雖不能發熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經紫外線照射亦可發熒光，熒光顯微鏡就是對這類物質進行定性和定量研究的工具之一。

　　熒光顯微鏡的透射光系統

　　1、光源部分   包括：石英汞燈石英質外殼內充填超高壓或高壓汞氣的燈管；消球差透鏡。通過該透鏡可使由光源來的光線形成清晰而平行的光束；激勵濾光片。為了濾掉由燈管所發出的其他非紫外光部分，選用光譜波長為365納米的紫外光濾光片，使光源成為紫外光源。

　　2、儀器主體部分   與生物顯微鏡構造基本相同，具有臺下棱鏡、臺下聚光鏡及載物臺等，先進的還具有偏光裝置。

　　3、物鏡及目鏡鏡頭   具有一套顯微目鏡和顯微物鏡系統，它是在可見光通過與發熒光物體的光程范圍內的條件下，進行肉眼觀察和在紫外線透射光下照相用的，常配有石英螢石物鏡、玻璃透鏡、消色差物鏡等。

　　4、抑制濾光片   為了保護觀察者的眼睛，在進入目鏡的光路前安上一個波長在436納米以上的濾光片，它幾乎*吸收了波長短于365納米的紫外光線。

　　透射光系統由光源產生紫外光，經儀器的主體透射到載物臺的巖石薄片上，再經物鏡、目鏡直接投射到觀察者的眼睛中。該系統是用來觀察巖石薄片中所含烴類物質的各個組成。

　　反射光系統   它的光源系統與透射光系統相同，不同的是它不通過臺下折光棱鏡和聚光鏡，而直接將熒光發生器安裝在顯微鏡基座上。這樣由光源來的光改變了原光路系統，使紫外光先經過物鏡上端，通過物鏡照射到載片的物體或巖石磨光面上，將激發的熒光反射回物鏡經目鏡到達觀察者的眼睛。反射光系統所觀察到的光線是巖石表面能被紫外光激發而產生的熒光。由于輕質瀝青易逸散往往浮在巖石表面，所以用反射光來觀察薄片及巖石磨光面的輕質瀝青物質以及煤層、天然瀝青、裂縫中的瀝青物質等。

　　照相系統   照相系統是用來拍攝對鏡下觀察到的代表性或典型性內容以充實文字描述的再現性增添的一項輔助系統，目前該系統的功能多為自動化，它主要包括電子測光裝置、變倍鏡頭、照相機和控制盤，照相機一般都裝置在儀器主體的頂端，由電纜連接控制臺，操作極為方便。